Linux 安装 Anaconda 后引起的包问题

gaunthan Posted on Jan 24 2018

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> Anaconda 是一个科学研究工具集成包，对于研究数据科学的人来说，在系统上安装该套件是一个明智的选择——我们可不想手动安装pandas、numpy、matplotlib等一系列包。然而，在安装完成后，你可能会发现系统上有些软件无法正常运行了。在我的系统上，gnome-tweak-tool 就出现了这样的情况。本文将讲解引起该问题的原因及其解决方案。

## 前言
在安装 Anaconda 时，你可能会选择将其执行路径添加到 PATH 环境变量中，这样在 Shell 中输入 `python` 时，就会执行 Anaconda 的 python 程序，非常方便：

![将 Anaconda 添加到 PATH 后](https://leanote.com/api/file/getImage?fileId=5c1af2c5ab64412acc00064d)

然而，在安装完成后，我发现在桌面启动 gnome-tweak-tool 没有反应，于是选择在终端中运行， 得到以下错误信息：

ModuleNotFoundError: No module named 'gi'

PS：这个问题首先在我把 Fedora 26 升级到 Fedora 27 后出现。当时对系统升级后，出现了很多奇怪的问题，尝试了一下 downgrade，结果把系统搞残了，只能选择重装。重装后，gnome-tweak-tool 可以正常工作。直到后来，安装 Anaconda 后问题再一次出现。这使得我开始意识到这个锅不该 Fedora 背。

## 尝试
最初遇到这个问题时，我进行了一些尝试。如果你想直接看解决方法，可以跳到下节。

首先是“缺啥补啥”，既然缺少 gi，那就把它给装上：

pip3 install gi --user

装好 gi 后，再运行下 gnome-tweak-tool，结果抛出了另一个错误：

```python3
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/gnome-tweak-tool", line 25, in <module>
    gi.require_version("Gtk", "3.0")
AttributeError: module 'gi' has no attribute 'require_version'
```

没事，先把这句注释掉...再来，又炸了：

```python3
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/gnome-tweak-tool", line 24, in <module>
    import gi
  File "/home/gaunthan/.local/lib/python3.6/site-packages/gi/__init__.py", line 39
    print url
            ^
SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print(t url)?
```

看起来是 gi 的脚本中，`print` 还用着 python 2.7 的语法。给它加对圆括号就完事。再来，又炸了：

```python3
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/gnome-tweak-tool", line 27, in <module>
    import gtweak
ModuleNotFoundError: No module named 'gtweak'
```

提示缺少 gtweak 包。用 pip 搜不出来，那用 `locate gtweak`  看看系统上有没有，毕竟原先程序是可以正常运行的：

![locate gtweak 运行结果部分截图](https://leanote.com/api/file/getImage?fileId=5c1af2c5ab64412acc00064f)

看起来是有的，恩，拷贝一份到 anaconda 的搜索路径。我选择放在 `~/.local/lib/python3.6/site-packages/` 下。继续，又炸了：

```python3
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/gnome-tweak-tool", line 84, in <module>
    from gtweak.app import GnomeTweakTool
  File "/home/gaunthan/.local/lib/python3.6/site-packages/gtweak/app.py", line 20, in <module>
    from gi.repository import Gtk
ModuleNotFoundError: No module named 'gi.repository'
```

诶，看起来用 `pip3` 装的 gi 包不是 gnome-tweak-tool 要的那个。该查查资料了。

## 解决
### 方案一：修改 gnome-tweak-tool
网上查了许多资料，发现大家都建议把 gnome-tweak-tool 的 Shebang 指定为 `/usr/bin/python3` 而不是原先的 `/usr/bin/env python3`。试了一下，问题解决了。

**注意，如果还是提示 gi 有问题。请把之前用 pip 手工装的 gi 给卸载掉，这样应该就没问题了：`pip3 uninstall gi`。**

### 方案二：将需要的包放到 Anaconda  的搜索路径下
前面把 gtweak 放到了搜索路径下，还需要做的是把 gi 也放到这个搜索路径下。  先看看 gi 的存放路径在哪里：

```bash
$ sudo python3 -c "import gi; print(gi.__path__)"
['/usr/lib64/python3.6/site-packages/gi']
```

接着把它拷贝一份到搜索路径就可以了：

cp -rf /usr/lib64/python3.6/site-packages/gi ~/.local/lib/python3.6/site-package/

## 注意要点
请先保证 python-gobject 已经安装：

![使用 rpm 命令检验 python-gobject 是否已经安装](https://leanote.com/api/file/getImage?fileId=5c1af2c5ab64412acc000651)

通常情况下，系统中都是有安装的，也可能是在安装 gnome-tweak-tool 时，包管理器自动安装了。当然，你用 `sudo dnf remove python-gobject python3-gobject` 就会发现哪些包依赖了它了。请不要尝试卸载它，不然我保证你会哭的。:)

## 本质原因
通过下面两张图应该可以发现问题根源：

![Anaconda python 的 sys.path 值](https://leanote.com/api/file/getImage?fileId=5c1af2c5ab64412acc00064e)

![系统自带 python 的 sys.path 值](https://leanote.com/api/file/getImage?fileId=5c1af2c5ab64412acc000650)

没错，两者的路径设置非常不同！这意味着有一些包 Anaconda 是搜索不到的，因为这些包的路径并没有添加到它的 path 设置中。因此，安装包时要注意使用对应的pip工具。

如果想要修改它的搜索路径设置，可以阅读文末的参考文献。

## 参考文献

- [PyGObject (PyGI)](https://developer.fedoraproject.org/tech/languages/python/pygobject.html)
- [Anaconda: Permanently include external packages (like in PYTHONPATH)](https://stackoverflow.com/questions/37006114/anaconda-permanently-include-external-packages-like-in-pythonpath)
- [mivoligo](https://github.com/mivoligo)/**[Zeegaree](https://github.com/mivoligo/Zeegaree)**: [No module named gi.repository #6](https://github.com/mivoligo/Zeegaree/issues/6)